El Centro de Modelado Matemático (CMM) ha definido seis áreas estratégicas en las que centra su investigación: Clima y Biodiversidad , Ciencia de Datos , Salud Digital , Minería Digital , Educación y Redes . Estas áreas reúnen la investigación aplicada desarrollada en diferentes laboratorios e iniciativas del CMM.
Además, con el fin de brindar a los sectores industrial, educativo y público de Chile una infraestructura computacional moderna, el Centro lidera el proyecto del Laboratorio Nacional de Computación de Alto Rendimiento (NLHPC). Este laboratorio nacional es un elemento clave para el desarrollo de varios proyectos de investigación aplicada en el CMM y otros centros del país. El Centro también alberga la plataforma tecnológica Copernicus Chile y su repositorio de datos satelitales, así como ALeRCE , el intermediario de datos astronómicos.